司法書士の柿沼です。
司法書士に登記を依頼する際に、お見積が提示されると思います。
司法書士のお見積は司法書士法で報酬と登録免許税を区別して明記するよう規定されています。
多くの司法書士事務所のお見積は下記のように明細（項目）、報酬額、登録免許税等と３列にわかれているかと思います。
そして、会社の登記をする際には、登録免許税を納付する必要があるのですが、
そちらは登録免許税法を根拠に規定されています。
国税庁のHP参照 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/inshi/7191.htm
ざっくり伝えると下記のとおりです。
株式会社の設立 １５万円（資本金の額に7/1000を乗じて１５万円に満たないとき）
株式会社の取締役の変更 １万円（ただし、資本金の額が１億円を超える場合は３万円）
株式会社の本店移転 ３万円（同じ管轄内での本店移転の場合）
６万円（管轄が異なる本店移転の場合）
株式会社の商号変更 ３万円
株式会社の目的の変更 ３万円
株式会社の株式の譲渡制限に関する規定の変更 ３万円
取締役会の設置又は廃止の登記 ３万円
監査役の設置又は廃止の登記 ３万円
ここで、ややこしいのは、重複した場合の登録免許税です。
（１）取締役の変更が３回あったとして、都度都度登記したら毎回１万円の登録免許税ですが、まとめて１回で登記したら１万円で済みます（そのかわり効力発生日から２週間過ぎていると過料が来る可能性があります）。
（２）商号変更と目的変更をまとめて登記する場合、登録免許税は３万円でＯＫです。
（３）商号変更と管轄外の本店移転を登記する場合、登録免許税は９万円です。
（４）取締役会の廃止と監査役の廃止と株式の譲渡制限に関する規定の変更と取締役及び監査役の辞任の登記をする場合、登録免許税は７万円です。
自分で登記をするにしろ、司法書士に登記を依頼するにしろ、一度お見積を出してもらうのは良いかもしれません。
司法書士の報酬とご自身の時間単価を考えて、
頼む頼まないを決めてもよいでしょう
（多くの場合、それなりの時間がかかるので、司法書士に頼んだ場合のほうが費用対効果は良いかと思います）。
